Bij de beoordeling van het gedrag van de vreemdeling is niet van belang of de voor het misdrijf opgelegde straf geheel of gedeeltelijk door gratie is kwijtgescholden. Gekeken wordt naar de straf die de rechter oorspronkelijk heeft opgelegd, dus ook naar het gedeelte dat door gratie is kwijtgescholden. Voor naturalisatie of optie heeft het enkele feit dat de straf geheel of gedeeltelijk door gratie is kwijtgescholden dus geen invloed op de beoordeling van het gedrag; het misdrijf en de dader zijn immers strafbaar bevonden en de strafrechter heeft daarvoor straf opgelegd. Gratie kan wel invloed hebben op de aanvang van de rehabilitatietermijn:

a. Als de gehele straf door gratie is kwijtgescholden, is er immers geen sprake van dat de opgelegde straf ten uitvoer zal worden gelegd. De rehabilitatietermijn van vijf jaar kan dus in dat geval niet aanvangen op het moment waarop de tenuitvoerlegging is voltooid. De termijn vangt in dat geval aan op het moment waarop gratie is verleend. Dat is de datum waarop het betreffende koninklijk besluit, waarbij de gratie is verleend, is betekend.

b. Als slechts een gedeelte van de straf door gratie is kwijtgescholden, zal het niet-kwijtgescholden gedeelte ten uitvoer worden gelegd. De termijn van vijf jaar vangt aan op de datum waarop (het resterende gedeelte van) de sanctie ten uitvoer is gelegd (de datum van invrijheidstelling, van voltooiing van de taakstraf of betaling van het volledige bedrag).

c. Als de gehele straf voorwaardelijk door gratie is kwijtgescholden, vangt de rehabilitatietermijn aan op de datum waarop aan de (algemene en bijzondere) voorwaarden is voldaan. Als de voorwaarde is dat de vreemdeling zich gedurende een bepaalde periode niet wederom schuldig maakt aan een strafbaar feit, begint de rehabilitatietermijn (achteraf bezien) op het moment waarop de gratie is verleend. Dat is het moment waarop het betreffende koninklijk besluit, waarbij gratie is verleend, is betekend. Als er sprake is van een bijzondere voorwaarde (bijvoorbeeld betaling van een geldsom of het verrichten van een arbeid) begint de rehabilitatietermijn op het moment waarop die bijzondere voorwaarde is vervuld. Van belang is dat een vreemdeling nooit tijdens een proeftijd Nederlander mag worden.

De rehabilitatietermijn vangt dus niet aan op de datum waarop de veroordeling onherroepelijk is geworden. In de periode tussen die datum en de gratieverlening was er immers wel sprake van dat de opgelegde straf ten uitvoer zou worden gelegd. Van daadwerkelijke rehabilitatie (en de aanvang van de rehabilitatietermijn) kan geen sprake zijn, zolang de vreemdeling nog onderworpen is aan de tenuitvoerlegging van een straf of maatregel of dat hem deze nog boven het hoofd hangt.

Gratie betreft de opheffing of de verlichting van de gevolgen van een strafvonnis. Gratie kan voorwaardelijk worden verleend. Daarbij kan een proeftijd worden opgelegd. Een koninklijk besluit of landsbesluit waarbij gratie is verleend, kan worden ingetrokken indien de voorwaarden niet worden nageleefd.

Op het moment waarop de gratieverlening wordt betekend, worden de gevolgen van het vonnis opgeheven of verlicht. Het vonnis zelf blijft bestaan. Pas vanaf dat moment kan de verleende gratie bij de beoordeling van het gedrag van de vreemdeling een rol gaan spelen. Daarbij geldt als uitgangspunt dat de gratie slechts de tenuitvoerlegging van de oorspronkelijk opgelegde straf aantast. Het doet niet af aan het feit dat daad en dader strafbaar zijn bevonden en dat er oorspronkelijk ook een straf is opgelegd die tot het moment van de gratieverlening ten uitvoer moest worden gelegd. Uitgegaan wordt derhalve van de oorspronkelijk opgelegde straf, en er wordt niet uitgegaan van de sanctie die resteert na de gratieverlening. In de regeling voor gratie is voorts aangesloten bij het algemene uitgangspunt dat de rehabilitatietermijn niet kan beginnen zolang de tenuitvoerlegging van de opgelegde straf nog niet is aangevangen of voltooid. Daarom werkt gratie pas vanaf het moment van gratieverlening en begint de termijn te lopen op het moment van de gratieverlening (ingeval van onvoorwaardelijke gratie) of het moment waarop aan de voorwaarden is voldaan (ingeval van voorwaardelijke gratie). Bij de invloed van de proeftijd die bij gratie kan worden vastgesteld, is aangesloten bij de regeling voor de proeftijd die wordt vastgesteld ingeval van een voorwaardelijke veroordeling. Als de voorwaarden niet worden nageleefd, kan de gratiebeslissing immers worden herroepen. Als dat het geval is, gelden de algemene uitgangspunten van het openbare-ordebeleid in het nationaliteitsrecht.

Ook de door gratie kwijtgescholden gevangenisstraf of geldboete kan dus gewoon worden meegeteld. Dat geldt ook in de cumulatieregeling van $ 840,– mits de kwijtgescholden boete was opgelegd voor een misdrijf en ten minste $ 280,– bedraagt.

De voorwaardelijke gratie komt neer op het omzetten van de oorspronkelijke straf in de betaling van een geldboete of schadevergoeding, of in een taakstraf (werkstraf of leerstraf). Bij voorwaardelijke gratie kan in veel gevallen een proeftijd worden bepaald. Als de voorwaarden niet worden nageleefd, kan het koninklijk besluit waarbij gratie is verleend, worden ingetrokken. Daarom moet bij voorwaardelijke gratie altijd de eventuele proeftijd worden afgewacht. Als achteraf blijkt dat de proeftijd met goed gevolg is doorstaan, vangt de rehabilitatietermijn aan op het moment waarop de nieuwe straf is voltooid. Als de voorwaarde was de betaling van een geldboete of schadevergoeding, vangt de termijn dus aan op de datum van betaling. Als de voorwaarde was het verrichten van arbeid ten algemenen nutte (werkstraf) of het deelnemen aan een leerproject (leerstraf), vangt de termijn aan op de datum waarop de werk- of leerstraf is voltooid.